Cantharella : un outil pour l’étude des substances naturelles, la pérennisation et le partage des connaissances
p. 134-137
Texte intégral


1Développé par l’IRD à partir de logiciels Open Source, le système d’information Cantharella vise à pérenniser et partager via internet les données pharmacochimiques des substances naturelles quelle qu’en soit l’origine.
2La base de données a pour vocation la centralisation des processus de purification, des activités biologiques, l’accès aux données taxonomiques, aux photos, et aux stations de récolte.
Résumé
Cantharella est une base de données accessible par internet, qui a pour objectif de centraliser et pérenniser les différentes informations collectées lors de programmes de recherche s’intéressant aux substances naturelles.
Cet outil collaboratif permet :
• d’assurer une traçabilité des organismes de la récolte aux tests biologiques en passant par les différents processus d’extraction et de purification ;
• de capitaliser des données concernant les stations de récolte, la taxonomie des organismes, les molécules identifiées, les activités biologiques, et autres documents (photos, autorisations, rapports, spectres etc.) ;
• de partager des informations entre collègues, avec nos collaborateurs, mais également avec les territoires, collectivités, pays prospectés dans un souci de restitution d’informations.
Cette application, créée à partir de briques logicielles open source, est mise à disposition de la communauté sous licence libre.
Tumu parau
E puèraa ìte teie ta te taata e nehenehe e taiò maoti te tahua natirara. Tona fā, ò ia te puturaa e te faaherehere maoro i te mau māramarama huru rau tei māìmihia mai i nià i te mau huàhuà natura.
E moihaa no te :
• âpee maite i te tereraa o te mau huàhuà natura, ò ia hoì, mai te òhiraa, te huru o te tītiàraa, te tāmāraa e tae roa atu i te mau hiòpoàraa rau.
• putu maite i te mau māramarama i nià i te mau vāhi òhiraa, te iòa o taua mau mea oraora ra, te tāpaòraa o te mau huàhuà hīmio i roto, to ratou oraraa e te tahi atu mau māramarama (hōhoà pata, faatureraa, tātararaa, etv).
• ôpere maite i teie mau māramarama i te feiā māìmi, te mau rima tauturu i âpiti mai ia mātou, e tae noa atu i te mau fenua i tītorotorohia, tāpaò te reira no te faahoì i te ìte i noaa mai i te tumu iho.
Teie faanahoraa roro uira, ò tei hāmanihia ma te rave i te tahi mau tuhaa roro uira « open source », ua matara ia te reira i te tāatoàraa o te feiā ìhi ma te tāmoni òre.
3Les travaux menés sur les substances naturelles génèrent une quantité importante de données d’origine et de nature très variées :
des données de terrain (point GPS, informations sur le milieu/biotope...)
sur l’identification des organismes récoltés (taxonomie), leur habitat, leur répartition/abondance ;
sur la phylogénie moléculaire, la génétique ;
sur les procédés chimiques utilisés pour analyser ou obtenir les molécules recherchées ;
sur leurs activités biologiques.
4Ces travaux impliquent une très grande pluridisciplinarité, faisant intervenir des collaborateurs multiples, géographiquement distants.
5Au final, seule une partie de ces informations sera publiée et de ce fait accessible et pérennisée. Les données brutes risquent au fil du temps d’être inexploitables, voire perdues, alors qu’elles pourraient constituer un historique de ce qui a été fait, permettre d’avoir des observations sur le long terme et offrir de nouvelles perspectives ...
6Enfin, l’exploitation des données se heurte régulièrement à l’hétérogénéité des supports papier ou informatiques, des formats de fichier ou encore dans la manière de saisir les données.
7De ce fait, ces données posent un certain nombre de problèmes :
pour leur accès et leur partage, que ce soit dans le cadre d’un travail collaboratif, d’un suivi à long terme ou d’une restitution auprès des collectivités prospectées ;
pour leur actualisation ;
pour les recouper, les analyser ;
pour assurer leur pérennité à long terme.
8Pour apporter une réponse concrète à ces différentes questions, nous avons conçu le système d’information Cantharella : « Base de données pharmacochimique des substances naturelles ».
9Cet outil de travail collaboratif, accessible via internet de manière sécurisée, a été conçu et développé en interne à partir de briques logicielles open source grâce au soutien financier de l'IRD. Un transfert technologique a été effectué auprès de la société Code Lutin qui assure les nouveaux développements et la diffusion du logiciel sous licence libre AGPL.



10Il repose sur 4 modules, permettant de capitaliser les données de la récolte aux tests biologiques, en passant par les procédés d’extraction, de purification et les molécules identifiées.
11L’accès est sécurisé et cloisonné en fonction des droits donnés à chaque utilisateur, ce qui permet de gérer plusieurs programmes de recherche en parallèle et de faire intervenir des collaborateurs différents, chacun n’ayant accès qu’aux données qui le concernent.
12Dans le cadre d’une démarche d’APA (Accès et partage des avantages), une restitution de nos travaux auprès des collectivités prospectées peut ainsi être effectuée par l’ouverture de droits sur les programmes qui les concernent. Elles peuvent ainsi avoir un suivi des travaux effectués sur leur biodiversité.
13L’instance Cantharella de l’IRD est accessible : http://cantharella.ird.nc
Auteur
Chargé de recherche, centre IRD de Polynésie française porteur du projet & administrateur de Cantharella
Ecosystèmes Insulaires Océaniens, UMR 241
sylvain.petek@ird.fr
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