Annexe 1.

Exemple appliqué du calcul de la fréquence d’une maladie

1Une population idéale se caractérise par :

• une taille infinie

• la panmixie (union aléatoire des individus et des gamètes)

• pas de migration (aucun apport d’allèles de l’extérieur)

• pas de mutation

• pas de sélection

En se basant sur la loi de Hardy-Weinberg, on peut calculer au sein d’une population idéale la fréquence des génotypes à partir de la fréquence de la maladie selon la formule suivante :

p² + q² + 2 pq = 1

2Soit M et m, deux allèles de fréquence respectivement p et q.

Avec :

p² : la fréquence d’un génotype homozygote MM pour deux allèles « M/ »

q² : la fréquence d’un génotype homozygote mm pour deux allèles « m/ »

2pq : la fréquence d’un génotype hétérozygote Mm pour un allèle « M/ » et un allèle « m/ »

Ainsi, pour les porteurs sains, en Bretagne, le calcul est le suivant :

si q² = 1/2 903 (soit l’incidence), alors q = 0,02 (soit la fréquence de l’allèle récessif) et p = 1 – q = 0,98 ;

on déduit 2pq = 0,0392 ou encore 3,9 %, soit la fréquence des porteurs sains ;

on a donc pour 3 175064 habitants, au 1^er janvier 2009 en Bretagne (estimation de l’Insee au 1^er janvier 2011, décret n^o 2011-1994 du 27 décembre 2011) : 3 175 064 × 3,9/100 = 123827 et 3175 064/123827 = 25,64 donc 1 porteur sain sur 25 Bretons.

3Pour 893 914 Finistériens au 1^er janvier 2011 :

893 914 × 4,9/100 = 43801 et 893 914/43 801 = 20,4 donc 1 porteur sain sur 20 Finistériens.

Annexe 2.

Évaluation du corpus par le logiciel Puck

4Attribute table

Annexe 3.

Historique des rapports créés sous GenJ

5Septembre-novembre 2008 : création d’un logiciel d’analyse

Rapport 1 (29/09/08) : changer les TAG, mettre un numéro unique par patient, anonymiser les noms

Rapport 2 (1/10/08) : test 2

Rapport 3 (3/10/08) : test 3

Rapport 4 (5/10/08) : création de numéro de famille à partir des parents

Rapport 5 (7/10/08) : mise en place d’une numérotation type Sosa à partir des patients

Rapport 6 (11/10/08) : calcul du nombre de malades dans la descendance, export CSV vers Excel

Rapport 7 (16/10/08) : mise en place de numéros de génération

Rapport 8 (28/10/08) : export de toutes les informations, dont les lieux

Rapport 9 (7/11/08) : mise en place d’un numéro de fratrie, calcul du nombre de famille dans la descendance

Rapport 10 (12/01/09) : marquer les semi-fondateurs et les fondateurs par génération pour le calcul de la profondeur généalogique, nettoyer le gedcom, anonymiser les noms dans le gedcom

Rapport 11 (15/02/09) :

• les profondeurs généalogiques

• les taux de consanguinité

• et les implexes

Glossaire

6« _NBPA » ; // TOUS LES INDIS : numéro du patient descendant

« _SOSA » ; // TOUS LES INDIS : numéro Sosa de l’individu par rapport au patient

« _GENE » ; // TOUS LES INDIS : numéro de génération de l’individu par rapport au patient

« _FAMI » ; // TOUS LES INDIS : numéro de famille de l’individu par rapport au patient

« _CTFA » ; // TOUS LES INDIS : nombre de famille différentes pour l’individu « _CTPA » ; // TOUS LES INDIS : nombre de patients qui descendent de cet individu

« _STAT » ; // TOUS LES INDIS : statuts de l’individu (fondateur, semi-fondateur ou identifié)

« _NFON » ; // POUR LES PATIENTS : nombre de fondateurs du patients

« _NSFO » ; // POUR LES PATIENTS : nombre de semi-fondateurs du patients

« _NIDE » ; // POUR LES PATIENTS : nombre de personnes identifiées du patient (c’est-à-dire ni fondateur ni semi-fondateurs)

« _NBAI » ; // POUR LES PATIENTS : nombre d’ancêtres identiques pour le patient

« _PROF » ; // POUR LES PATIENTS : profondeur généalogique du patient

« _PROS » ; // POUR LES PATIENTS : écart-type de la profondeur généalogique du patient

« _IMPL » ; // POUR LES PATIENTS : implexe du patient

« _COSG » ; // TOUS LES INDIS : consanguinité de tout individu (=consanguinité de ses parents)

Annexe 4.

Contrôle global des données de la base par Granite-Muco

7Fonction F1

Le groupe BZH3G compte 626 généalogies de parents et 490 malades

Nombre de mentions d’ancêtres (Sosa) : 536 108

Nombre d’ancêtres (INDI) : 223 588 Occurrence moyenne : 2,40

Taux d’implexe : 58,29 %

Profondeur généalogique moyenne : 11,5

Profondeur généalogique maximum : 20

Ancêtres présents dans au moins 2 généalogies : 75 888 (33,94 %)

Un même ancêtre est présent au plus dans 85 généalogies (13,58 %)

La généalogie ayant le plus d’ancêtres est : 21 033 avec 3 674 ancêtres

La moyenne par généalogie est de : 701 ancêtres

Ce groupe comporte 366 240 liens de cousinage (avec l’ensemble des groupes) - > 471 généalogies (75,24 %) ont des liens de cousinage (via 78 870 ancêtres)

Moyenne des liens par ascendance : 777

- > 155 généalogies n’ont pas de liens de cousinage

Généalogie contenant le plus de liens de cousinage dans le groupe : 21 033 399 généalogie(s) possède (nt) des implexes (63,74 %)

Nombre de généalogies complètes par génération

Annexe 5.

Âge moyen au mariage selon le sexe et la mutation

8Les mariages ont surtout été célébrés sur un siècle entre 1650 et 1750. Ces chiffres correspondent à la profondeur généalogique des ascendances. On note aussi qu’il y a plus de femmes que d’hommes, le remariage des hommes ayant fait augmenter le nombre des femmes.

Âge moyen au mariage selon le sexe et la mutation dans la base Généalogie et mucoviscidose

Caractérisation des couples du groupe des ancêtres des porteurs de la mutation 1078delT entre 1600 et 1949

Caractérisation des couples du groupe des ancêtres des porteurs de la mutation F508del entre 1600 et 1949

Annexe 6.

Calculs de consanguinité par groupe

1. F508del

9Pour des raisons techniques, liées à la gestion des données trop volumineuses dans le groupe des ascendants des porteurs de la mutation F508del, l’approche de la consanguinité sera résumée dans ce groupe important numériquement et plus développée dans les groupes suivants (G551D, 1078delT et non-porteurs).

10Dans le groupe des porteurs de la mutation F508del, l’union entre 2 apparentés a donné naissance à 4 malades qui ont un coefficient de consanguinité supérieur à 0,01 (/417). Il s’agit d’une union entre cousins germains, de deux unions entre petits cousins et d’une union entre arrière-petits-cousins.

11En revanche, 78 malades sur 417 ont un coefficient de consanguinité supérieur à 0 (18 %).

12Voyons maintenant, plus en détail, comment se présentent les unions dans le cas d’un groupe numériquement bien plus faible.

2. G551D

13D’un point de vue génétique, chaque individu possède à chaque endroit (locus) deux gènes, l’un transmis par sa mère, l’autre par son père, et transmet à ses enfants une copie de l’un de ses gènes. En ce sens, il est intéressant de faire des calculs de probabilité de transmission de ces gènes.

14La parenté de deux individus x et y est la probabilité pr (x, y) de trouver à un même locus deux mutations identiques, l’une chez x, l’autre chez y. Autrement dit, le degré de parenté se calcule sur la (les) chaîne(s) d’individus reliant un couple à ses ancêtres communs.

15Le coefficient de consanguinité d’un individu x est la probabilité cg(x) de trouver à un locus donné deux mutations identiques. Le coefficient de consanguinité d’un individu est donc égal au coefficient de parenté de ses parents. Et, il va de soit que ce coefficient est nul pour un malade si ses parents n’ont pas d’ancêtres communs.

16Au niveau de la parenté, on notera dans le corpus des ancêtres des porteurs de la mutation G551D, 164 relations de mariage (1,68 %) unissant deux individus qui ont au moins un ancêtre commun. Ces mariages entre apparentés impliquent 328 (1,68 %) individus (164 hommes, 164 femmes) pour un total de 640 444 relations de consanguinité. D’une manière générale, c’est au dixième degré que l’on retrouve le plus d’unions dites consanguines (77 unions).

17Si l’on s’intéresse, plus particulièrement, aux porteurs de ce groupe et à leur(s) enfant(s) malade(s), on remarque que 13 individus sur 28 ont un taux de parenté et/ou consanguinité non nul car supérieur à 0,001 (tableau A).

18Dans ce groupe, 7 porteurs de la mutation G551D, parents d’au moins un enfant malade, ont un coefficient de consanguinité supérieur à 0,01 ; c’est-à-dire qu’il y a 7 individus à avoir une probabilité comprise entre 3,13 et 0,01 % de trouver deux mutations identiques issues d’un ancêtre commun à leurs parents. Or, ces individus sont hétérozygotes donc, aucun n’a reçu deux mutations G551D.

19Il a semblé intéressant de se pencher sur leurs enfants ; 6 malades ont un coefficient de consanguinité supérieur à 0,001. Ces 6 personnes ont de ce fait une probabilité comprise entre 0,15 et 0,01 % d’avoir hérité de la même mutation d’un ancêtre commun.

20Les ancêtres communs aux deux parents se situent entre la 6^e et la 10^e génération. Dans ce corpus, 2 malades sont homozygotes pour la mutation G551D. On retrouve 3 des parents porteurs dans ce tableau : le couple 22099-32099 et l’individu 22269. Ce dernier n’a aucun lien de parenté recensé avec sa conjointe (32269), bien qu’ils soient porteurs de la même mutation.

21Sur ce groupe de 38 malades porteurs en 1 exemplaire de la mutation G551D, la consanguinité à travers l’apparentement des parents peut avoir joué un rôle dans la transmission du gène délétère chez 1 malade. Il a un coefficient de consanguinité de 0,01 %. Les ancêtres communs de ses parents se situent au-delà de la 10^e génération.

3. 1078delT

22Si l’on s’intéresse, plus particulièrement, aux porteurs de ce groupe et à leur(s) enfant(s) malade(s), on remarque dans le tableau B que 16 individus sur 26 ont un coefficient de parenté et/ou consanguinité supérieur à 0,001.

23Dans ce groupe, 15 porteurs de la mutation 1078delT sur 26 présents dans ce groupe, parents d’au moins un enfant malade, ont un coefficient de consanguinité supérieur à 0,01 % ; c’est-à-dire qu’ils sont 15 individus à avoir une probabilité comprise entre 1,03 et 0,01 % de trouver, à un locus, deux mutations identiques issues d’un ancêtre commun à leurs parents. Or, ces individus sont hétérozygotes donc, aucun n’a reçu deux mutations 1078delT.

Tableau A. Calcul de consanguinité pour les porteurs et malades du groupe G551D

24De fait, il est intéressant de se pencher sur leurs enfants ; 6 malades ont un coefficient de consanguinité supérieur à 0,001 %. Ces 6 personnes ont une probabilité, comprise entre 0,39 et 0,01 % d’avoir hérité de la même mutation d’un ancêtre commun. Les ancêtres communs aux deux parents se situent entre la 4^e et la 7^e génération. Dans ce corpus, 2 malades sont homozygotes pour la mutation 1078delT. Cependant, les conjoints des individus 32314 et 22055 ne font pas partie du corpus car ils sont nés de père inconnu. Ils ne répondent donc pas au critère « ascendance complète sur au moins trois générations ». Leur généalogie a quand même été remontée et le calcul de consanguinité effectué. Ainsi, malgré l’absence de connaissance d’un de leurs grands-parents, 2 malades sur les 30 de ce groupe ont un risque de 0,39 % et 0,01 % d’avoir hérité de la même mutation d’un ancêtre commun à leurs parents.

25D’une manière générale, ce groupe se caractérise par une plus grande stabilité matrimoniale. En effet, on retrouve un taux de mariage de la femme dans sa commune de naissance important (76 %), un nombre aussi plus important de renchaînements d’alliances (3-2) et 15 porteurs ont un coefficient de consanguinité non nul (contre 7 pour le groupe G551D).

4. La population témoin

26Au niveau de la consanguinité, on notera 143 relations de mariage (1,82 %) impliquant 286 (1,82 %) individus (143 hommes, 143 femmes), pour un total de 426 370 relations de consanguinité au 10^e degré. Ces chiffres sont comparables à ceux des deux corpus précédemment analysés.

27Si l’on s’intéresse, plus particulièrement, aux non-porteurs (= grands-parents) de ce groupe et à leur(s) enfant(s) (porteur = parents), on remarque que 14 individus sur 27 ont un coefficient de parenté et/ou consanguinité supérieur à 0,001 %. Proportionnellement, cela représente 51 % des unions, c’est moins que pour le groupe des porteurs de la mutation 1078delT (61 %) et plus que pour le groupe des porteurs de la mutation G551D (46 %). Cette situation intermédiaire renseigne sur l’égalité de traitement face à la consanguinité entre les groupes, non-porteurs inclus.

28Dans ce groupe, 10 non-porteurs sur 27, ont un coefficient de consanguinité supérieur à 0,01 % ; c’est-à-dire qu’ils sont 10 individus à avoir une probabilité comprise entre 1,56 et 0,01 % de trouver, à un locus donné, deux mutations identiques issues d’un ancêtre commun à leurs parents. Or, des analyses moléculaires ont été faites et il s’avère que ces individus sont non-porteurs donc, aucun d’entre eux n’a reçu de mutation du gène CFTR.

Tableau B. Calcul de consanguinité pour les porteurs et malades du groupe 1078delT

Tableau C. Calcul de consanguinité pour les non-porteurs et leur enfant

Annexe 7.

Recensement de circuits matrimoniaux dans le corpus des ascendants de la mutation G551D

29551 [20, 0] Recensement de circuits matrimoniaux Thu Sep 29 14:08:43 CEST 2011 Puck 0.9 variant 11-05-29

Durée : 3828 ms

Largeur maximale (liens de mariage) : 1

Hauteur maximale (distances générationnelles) : [20, 0]

Pas de germains assimilés

Tous circuits considérés (pas de restriction aux anneaux)

9 775 relations de mariage (9743 hommes, 9 750 femmes)

Survey : 164 relations de mariage (1,68 %) impliquant 328 (1,68 %) individus (164 hommes, 164 femmes)

Dans 1 083 circuits de 1 061 types différents (fréquence moyenne 1,02)

Pour un total de 640 444 relations de consanguinité

Pour 1 lien de mariage et une profondeur générationnelle maximale de 20.

Annexe 8.

Tableau de cousinages issus de l’ascendance du n° 22243 (G551D) M. Cossec

Annexe 9.

Unions sur Kerlouan selon l’origine des conjoints

Annexe 10.

Tableau des apparentements issus de l’ascendance du n° 22243 (G551D) M. Cossec

Annexe 11.

Cartographie des lieux de mariage des ancêtres du porteur n° 22243 (M. Cossec) par génération

Annexe 12.

Liste des communes de mariage et nombre d’individus de l’échantillon issu de la base Généalogie et mucoviscidose

Annexe 13.

Étude sur Kerlouan, tableaux des répartitions par âge au décès et par sexe

Annexe 14

Résultats des tests de significativité

Tests sur séries complètes hommes + femmes des 2 échantillons

30Résultats du test

Méthode : Welch Two Sample t-test ; Alternative : two.sided

Statistique observée Qobs : 4.5827324188287

p-value : 5.2911559099465E-6

T : Array Intervalle de confiance à 95 % [2,8431 ; 7,1031]

Degrés de liberté : 833.78336268625

Moyenne : Groupe 1 : 61.194503171247 ; Groupe 2 : 56.221393034826 La valeur p (p-value) de votre test est 5.2911559099465E-6.

31Résultats du test

Méthode : Wilcoxon rank sum test with continuity correction ; Alternative : two.sided

Statistique observée Qobs : 111739

p-value : 7.6765368941845E-6

Degré de liberté :

La valeur p (p-value) de votre test est 7.6765368941845E-6.

Tests sur séries hommes des 2 échantillons

32Résultats du test

Méthode : Welch Two Sample t-test ; Alternative : two.sided

Statistique observée Qobs : 3.5735037439349

p-value : 0.00039671332783002

T : Array Intervalle de confiance à 95 % [2.324 ; 8.0092]

Degrés de liberté : 387.03957155787

Moyenne : Groupe 1 : 63.309417040359 ; Groupe 2 : 58.142857142857

La valeur p (p-value) de votre test est 0.00039671332783002.

Résultats du test

Méthode : Wilcoxon rank sum test with continuity correction ; Alternative : two.sided

Statistique observée Qobs : 25125

p-value : 0.00076701373193109

Degré de liberté :

La valeur p (p-value) de votre test est 0.00076701373193109.

Tests sur séries femmes des 2 échantillons

33Résultats du test

Méthode : Welch Two Sample t-test ; Alternative : two.sided Statistique observée Qobs : 3.0300034273838

p-value : 0.0025887119225614

T : Array Intervalle de confiance à 95 % [1.6836 ; 7.8995]

Degrés de liberté : 442.83944940802

Moyenne : Groupe 1 : 59.308 ; Groupe 2 : 54.516431924883

La valeur p (p-value) de votre test est 0.00258871169225614.

34Résultats du test

Méthode : Wilcoxon rank sum test with continuity correction ; Alternative : two.sided

Statistique observée Qobs : 30957

p-value : 0.0025345939070563

Degré de liberté :

La valeur p (p-value) de votre test est 0.0025345939070563.

Annexe 15.

Exemple de dossier transmis aux patients qui en font la demande

Cartographie des lieux de mariage des ancêtres du porteur 31131

Liste des ascendants du porteur 31131

35Abréviations :

° : naissance

x : mariage

+ : décès

36Ascendance

Génération I

1 Mère

37Génération II

2 Grand-père maternel

3 Grand-mère maternelle

38Génération III

4 Arrière-grand-père paternel

5 Arrière-grand-mère paternelle

6 Arrière-grand-père maternel

7 Arrière-grand-mère maternelle

39Génération IV

8 MIOSSEC (LE) Yves (° 06/12/1866 Saint-Servais (29) + 29/08/1951 Loc-Eguiner (29))

9 QUERE Marie Françoise (° 27/05/1881 Saint-Derrien (29) + ../../1952 Loc-Eguiner (29))

10 CLOAREC Jean Marie (° 10/03/1884 Bodilis (29) x 20/11/1910 Ploudiry (29) + ../../1915) Cultivateur

11 ORLACH Marie Françoise (° 20/11/1888 Ploudiry (29) x 20/11/1910 Ploudiry (29) + 07/06/1912 Ploudiry (29)) Ménagère

12 CABON (LE) Joseph (° 23/09/1900 La Martyre (29) x ../../1928 + 21/04/1982 La Martyre (29))

13 GUEGUEN Rosalie (° 26/08/1904 Ploudiry (29) x ../../1928 + 13/04/1986 La Martyre (29))

14 JAFFREDOU Christophe (° ../../1902 Pencran (29) x ../../1931 + ../../1980 Pencran (29))

15 CORBE (LE) Marie Françoise (° ../../1907 Pencran (29) x ../../1931 + ../../1991 Pencran (29))

40Génération V

16 MIOSSEC (LE) François Ollivier (° 15/04/1837 Saint-Servais (29) x 19/11/1865 La Martyre (29)) Cultivateur

17 KERBRAT Marie Josèphe (° 03/02/1845 La Martyre (29) x 19/11/1865 La Martyre (29)) Cultivateur

18 QUERE François (° ../../1852 Plounévez-Lochrist (29) x 25/05/1880 Saint-Derrien (29)) Cultivateur

19 GAC Marie Françoise (° ../../1858 Plounéventer (29) x 25/05/1880 Saint-Derrien (29)) Cultivateur

20 CLOAREC Joseph Jean Marie (° 20/02/1852 Guiclan (29) x 21/05/1883 Bodilis (29)) Cultivateur

21 NICOLAS Marie Jeanne (° 25/01/1860 Bodilis (29) x 21/05/1883 Bodilis (29)) Ménagère

22 ORLACH Alain (° ../../1853 Loc-Eguiner-Ploudiry (29) x 17/05/1885 Ploudiry (29)) Cultivateur

23 BRAS (LE) Marie Anne (° ../../1853 Saint-Servais (29) x 17/05/1885 Ploudiry (29) + 10/07/1908 Ploudiry (29)) Ménagère

24 CABON (LE) Joseph (° 28/02/1868 La Martyre (29) x ../../1896 + ../../1953 La Martyre (29))

25 BONNIOU Marie Anne (° ../../1875 La Martyre (29) x ../../1896 + ../../1936 La Martyre (29))

26 GUEGUEN Auguste (° ../../1875 Pencran (29) x ../../1901 Saint-Servais (29) + ../../1960 Ploudiry (29))

27 KERDILES Marie Jeanne Yvonne (° ../../1877 Saint-Servais (29) x ../../1901 Saint-Servais (29) + ../../1965 Ploudiry (29))

28 JAFFREDOU Jean Marie (° 13/08/1867 La Roche-Maurice (29) + 22/04/1952 Pencran (29))

29 LANN (LE) Jeanne Gabrielle (° 16/06/1880 Le Tréhou (29) + 08/11/1949 Pencran (29))

30 CORBE (LE) Jean Louis (° 13/09/1865 Pencran (29) x 14/06/1891 Saint-Urbain (29) + ../../1939 Pencran (29)) Cultivateur

31 BRENAUT Marie Nonne (° 15/07/1871 Saint-Urbain (29) x 14/06/1891 Saint-Urbain (29) + 02/02/1956 Pencran (29))

41Génération VI

32 MIOSSEC (LE) Yves (° Bodilis (29) x 20/02/1829 Saint-Servais (29)) Cultivateur

33 MEVEL Marie Guyonne (° 09/11/1811 Bodilis (29) x 20/02/1829 Saint-Servais (29) + 26/02/1861 Saint-Servais (29))

34 KERBRAT Gabriel (° ../../1804 Le Tréhou (29) x ../../1835 La Martyre (29)) Cultivateur

35 POULIQUEN Marie Françoise (° ../../1808 La Martyre (29) x ../../1835 La Martyre (29))

36 QUERE Pierre (° Plounévez-Lochrist (29) x ../../1831 Plounévez-Lochrist (29) + 01/02/1880 Plounévez-Lochrist (29))

37 DUFF (LE) Marie (° ../../1811 Plounévez-Lochrist (29) x ../../1831 Plounévez-Lochrist (29) + 03/09/1865 Plounévez-Lochrist (29))

38 GAC Goulven (° ../../1828 Ploudaniel (29) x ../../1855 Plounéventer (29)) Cultivateur

39 OLLIVIER Anne (° ../../1829 Plounéventer (29) x ../../1855 Plounéventer (29) + ../../1868 Plounéventer (29)) Cultivateur

40 CLOAREC Jean Marie (° ../../1810 Guiclan (29) x 24/12/1837 Guiclan (29)) Cultivateur

41 TANGUY Marie Catherine (° 08/12/1816 Guiclan (29) x 24/12/1837 Guiclan (29) + 12/10/1859 Guiclan (29)) Cultivateur

42 NICOLAS Jean Marie (° Bodilis (29) x 15/07/1855 Bodilis (29) + 02/01/1880 Bodilis (29))

43 DIVERRES Marie Jeanne (° 07/02/1822 Plounéventer (29) x 15/07/1855 Bodilis (29)) Cultivateur

44 ORLACH Eguiner (° 14/03/1816 Loc-Eguiner-Ploudiry (29) x 27/01/1842 Sizun (29)) Cultivateur

45 BEON Marie (° 14/10/1819 Sizun (29) x 27/01/1842 Sizun (29) + ../../1865 Loc-Eguiner (29))

46 BRAS (LE) Guy (° ../../1811 Bodilis (29) x 14/02/1841 Bodilis (29) + ../../1882 Saint-Servais (29))

47 MIOSSEC Anne (° ../../1815 Plounéventer (29) x 14/02/1841 Bodilis (29) + ../../1882 Saint-Servais (29))

48 CABON (LE) Yves (° ../../1811 Pencran (29) x ../../1844 Ploudiry (29) + ../../1878 La Martyre (29)) Cultivateur

49 QUEMENEUR Marie Jeanne Françoise (° ../../1824 Pencran (29) x ../../1844 Ploudiry (29)) Tisserande

50 BONNIOU Joseph (° ../../1825 La Martyre (29) x ../../1865 Tréflévénez (29)) Cultivateur

51 BOUROULLEC Marie Jeanne (° ../../1835 Tréflévénez (29) x ../../1865 Tréflévénez (29)) Cultivateur

52 GUEGUEN Christophe (° ../../1849 Pencran (29) x ../../1871 Pencran (29) + ../../1919 Ploudiry (29))

53 CORNEC (LE) Marie Jeanne (° ../../1848 Pencran (29) x ../../1871 Pencran (29) + ../../1923)

54 KERDILES Olivier (° ../../1833 Saint-Servais (29) + ../../1913 Saint-Servais (29))

55 GUEGUEN Françoise (° ../../1846 Saint-Vougay (29) + ../../1914 Saint-Servais (29))

56 JAFFREDOU Christophe (° 11/04/1834 La Martyre (29) x 08/02/1857 La Roche-Maurice (29)) Cultivateur

57 HAMON Marie Virginie (° 10/01/1837 Dirinon (29) x 08/02/1857 La Roche-Maurice (29))

58 LANN (LE) Jean Louis (° 17/04/1843 Le Tréhou (29) x 10/02/1868 Le Tréhou (29)) Cultivateur

59 GUENNOU Marie Josèphe Angèle (° 30/10/1846 Le Tréhou (29) x 10/02/1868 Le Tréhou (29)) Menager

60 CORBE (LE) Yves (° ../../1831 Pencran (29) x 27/01/1854 Pencran (29)) Cultivateur

61 BERNICOT Marie Jeanne (° ../../1833 Pencran (29) x 27/01/1854 Pencran (29)) Cultivateur

62 BRENAUT Mathurin (° ../../1836 Irvillac (29) x 10/07/1859 Irvillac (29)) Cultivateur

63 MARHIC Marie Anne (° 17/01/1843 Irvillac (29) x 10/07/1859 Irvillac (29)) Cultivateur

Génération VII, etc. jusqu’à la fin des données.

Cousinages

42Bien que nous ne soyons pas porteuses de la même mutation, nous sommes cousines. Notre ancêtre commun est Pierre LE BORGNE (Sosa 292) décédé le 20/01/1757 à Plounévez-Lochrist.

Notes

La numérotation de Sosa-Stradonitz est un système mathématique de numérotation des ancêtres en généalogie, nommée d’après deux de ses créateurs, Jérôme de Sosa (qui reprend en 1676 une méthode inventée en 1590 par un historien allemand : Michel Eyzinger) et Stephan Kekulé von Stradonitz (qui la reprit en 1898). Cette méthode attribue le numéro 1 à l’individu étudié puis le numéro 2 à son père et 3 à sa mère. Chaque homme a un numéro double de celui de son enfant (2n) et chaque femme un numéro double de celui de son enfant, plus un (2n + 1). Sauf le numéro 1, les femmes portent un numéro impair et les hommes un numéro pair.

Pour trouver le numéro d’un père, on multiplie donc par 2 le numéro d’un enfant. Pour trouver le numéro d’une mère, on multiplie donc par 2 le numéro d’un enfant et on ajoute 1. À l’inverse pour trouver le numéro d’un enfant, on divise par 2 le numéro du père ou on retranche 1 au numéro de la mère avant de le diviser par 2.

Chemin probablement pris par le gène

43Vous trouverez ci-dessous le chemin potentiellement pris par le gène, depuis un ancêtre situé dans les dernières générations identifiées, pour arriver jusqu’à vous (individus en gras). Attention, ce résultat est le fruit d’un calcul statistique. La réalité biologique est peut-être différente.

Vous pouvez commencer à lire le chemin par la fin et identifier grâce au numéro Sosa chaque individu dans la liste ascendante par génération.

ROUX (LE) Hamon, N° 6238 N : ca ../../1614 Ploudaniel (29) D : 26/11/1684 Ploudaniel (29)

x EDERN Claude, N° 6239 N : ../../1621 M : < ../../1647 Ploudaniel (29) D : 12/09/1679 Ploudaniel (29)

|... ROUX (LE) Jeanne, N° 3119 N : ../../1650 D : 22/08/1683 Trégarantec (29)

|... x PAUGAM François, N° 3118 N : 22/12/1644 Trégarantec (29) M : ca ../../1670 D : 22/05/1720 Trégarantec (29)

|... |... PAUGAM Catherine, N° 1559

|... |... x BERNICOT Olivier, N° 1558 M : ../../1704 Trégarantec (29)

|... |... |... BERNICOT Anne, N° 779 N : Plouédern (29)

|... |... |... x ROUX (LE) Etienne, N° 778 M : ../../1725 Beuzit-Conogan (29)

|... |... |... |... ROUX (LE) Anne, N° 389 N : Beuzit-Conogan (29)

|... |... |... |... x BRAS (LE) Yves, N° 388 N : Tréflévénez (29) M : ../../1756 Tréflévénez (29)

|... |... |... |... |... BRAS (LE) Yves, N° 194 N : ../../1758 Tréflévénez (29)

|... |... |... |... |... x PRIGENT Marie Françoise, N° 195 N : Tréflévénez (29) M : ../../1785 Tréflévénez (29)

|... |... |... |... |... |... BRAS (LE) Jeanne, N° 97 N : ../../1789 Tréflévénez (29)

|... |... |... |... |... |... x CABON (LE) Yves, N° 96 N : Pencran (29) M : ../../1810 Tréflévénez (29) D : ../../1852 La Martyre (29) |... |... |... |... |... |... |... CABON (LE) Yves, N° 48 N : ../../1811 Pencran (29) D : ../../1878 La Martyre (29) Cultivateur

|... |... |... |... |... |... |... x QUEMENEUR Marie Jeanne Françoise, N° 49 N : ../../1824 Pencran (29) M : ../../1844 Ploudiry

|... |... |... |... |... |... |... |... CABON (LE) Joseph, N° 24 N : 28/02/1868 La Martyre (29) D : ../../1953 La Martyre (29)

|... |... |... |... |... |... |... |... x BONNIOU Marie Anne, N° 25 N : ../../1875 La Martyre (29) M : ../../1896 D : ../../1936 La Martyre (29)

|... |... |... |... |... |... |... |... |... CABON (LE) Joseph, N° 12 N : 23/09/1900 La Martyre (29) D : 21/04/1982 La Martyre (29)

|... |... |... |... |... |... |... |... |... x GUEGUEN Rosalie, N° 13 N : 26/08/1904 Ploudiry (29) M : ../../1928 D : 13/04/1986 La Martyre (29)

|... |... |... |... |... |... |... |... |... |... Arrière-grand-père maternel N° 6

|... |... |... |... |... |... |... |... |... |... |... Grand-mère maternelle

|... |... |... |... |... |... |... |... |... |... |... |... Mère

Résumé de la thèse

44En recherchant l’existence de liens familiaux entre les porteurs de mutations du gène CFTR en Bretagne, Nadine Pellen a en réalité abordé et articulé trois dimensions temporelles :

• le passé : les ancêtres des porteurs, concentrés dans quelques régions du littoral, permettent de comprendre que le gène responsable de la mucoviscidose est arrivé en Bretagne par voie maritime puis s’est diffusé à l’intérieur du territoire ;

• le présent : ce travail confirme, après les travaux de Jean Sutter et de Martine Segalen, que la consanguinité explique peu la fréquence de la maladie observée en Bretagne de nos jours ; en revanche, les facteurs qui ont joué sont l’endogamie et, à un moindre degré, l’avantage sélectif des hétérozygotes ;

• le futur : puisque l’on dispose avec ce travail d’un corpus de généalogies et de familles à risque de transmettre le gène, on peut se demander si un dépistage systématique des porteurs est envisageable à l’avenir et si cela permettrait de diminuer la fréquence du gène.

Outre l’éclairage sur les origines de la population, la dynamique de la mutation donne une autre dimension à un mal individuel en l’inscrivant dans une dimension de fardeau collectif et elle interroge aussi sur des questions éthiques.

Rédigé d’après les propos de Gil Bellis, co-tuteur de la thèse, dans le rapport du jury.

Liste des sigles

45ADN Acide désoxyribonucléique

AFDPHE Association française pour le dépistage et la prévention des handicaps de l’enfant

BMS Baptêmes, mariages, sépultures

CIFRE Conventions industrielles de formation par la recherche

CF Cystic fibrosis

CFTR Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

CG22 Centre généalogique des Côtes-d’Armor

CGF Centre généalogique du Finistère

CHM Centre Hélio-Marin

CNIL Commission nationale de l’informatique et des libertés

CRCM Centre de ressources et de compétences de la mucoviscidose CSV Comma-separated values

DNS Dépistage néonatal systématique

FKP Fibrose kystique du pancréas

GEDCOM Genealogical data communication

GETC Groupe d’étude des tumeurs à calcitonine

GRIG Groupe de recherche interdisciplinaire en démographie et épidémiologie génétique

IBD Identity by descent, identité par descendance

INED Institut national d’études démographiques

INSEE Institut national de la statistique et des études économiques INSERM Institut national de la santé et de la recherche médicale

PUCK Program for the use and computation of kinship data

RPQA Registre de la population du Québec ancien

SLSJ Saguenay-Lac-Saint-Jean

TGI Tribunal de grande instance

Liste des sites Internet et documents électroniques cités

46www.uqac.ca/balsac

www.santesaglac.gouv.qc.ca/genetique/resultats.html

www.genet.sickkids.on.ca

www.cgf-forum.fr/

www.kintip.net

www.fichierorigine.com

www.genealogie22.com/censonet/accueil.pl

http://sabotiers.cgf.asso.fr/

http://recif.cgf.asso.fr

http://marne.u707.jussieu.fr/biostatgv/?module=tests

www.santesaglac.gouv.qc.ca/genetique/offre_tests.html