Table des matières

Remerciements

Catherine Rollet

Préface

Introduction

• Une histoire de famille
• Remonter le temps
• Quatre hypothèses de recherche
• Une base de données génétique et généalogique

Première partie. Le patrimoine génétique d’une population et les caractéristiques individuelles

Chapitre 1

Génétique et généalogie, un air de famille

• I. Étudier l’évolution du patrimoine génétique des populations
• 1. La génétique des populations
• 2. La dynamique de l’évolution des populations
• a. Les éléments de changement
• b. Les facteurs d’homogénéisation
• c. Les conséquences génétiques
• II. Étudier la diffusion d’une maladie génétique
• 1. Sciences humaines et génétique
• a. Les débuts de la démo-génétique
• b. L’étude de la maladie de Rendu-Osler
• c. Les liens entre géographie et mutations génétiques
• 2. Des bassins génétiques
• 3. L’apport de la généalogie dans l’étude des maladies
• a. Généalogie et reconstitution familiale
• b. Un intérêt récent et utile
• 4. Les difficultés liées à la recherche génétique et généalogique
• a. Les sources de base
• b. Quelle méthode adopter ?
• c. Les écueils

Chapitre 2

La mucoviscidose

• I. Description de la pathologie
• 1. Une maladie au goût salé
• 2. Un mucus encombrant
• 3. Symptômes et traitements
• 4. Une double transmission parentale
• a. Des progrès récents dans la prise en charge
• b. Une meilleure connaissance des populations touchées
• 5. Les apports de la thérapie génique
• II. La mucoviscidose en Bretagne
• 1. Historique des travaux
• 2. Quelques chiffres
• 3. La population touchée par la maladie

Deuxième partie. Les données et la population de référence

Chapitre 3

La constitution du corpus de données

• I. Les données existantes
• 1. Le corpus généalogique
• a. Pourquoi constituer un tel corpus ?
• b. La genèse du projet
• c. Les difficultés rencontrées
• 2. Les dossiers médicaux
• II. Les enquêtes complémentaires
• 1. Les données médicales
• 2. L’enquête familiale
• 3. Les compléments généalogiques
• III. La base de données
• 1. Synthèse des informations utilisées
• 2. Structure et contenu de la base de données généalogiques
• 3. Les tests de cohérence des données
• a. Contrôler les erreurs
• b. La codification des données
• IV. Techniques d’analyse
• 1. La constitution d’indicateurs généalogiques
• 2. Ascendance et descendance
• 3. Répartition géographique et prévalence
• a. L’outil cartographique
• b. Nature des difficultés rencontrées

Chapitre 4

Les caractéristiques de la population étudiée

• I. La population étudiée
• 1. La population de référence
• 2. Les critères retenus
• 3. Les 626 porteurs sains
• 4. La population témoin
• II. Les caractéristiques sociodémographiques de la population
• 1. Les unions
• a. La saisonnalité des mariages
• b. Les cas de consanguinité
• 2. Les naissances
• 3. Les décès
• 4. Autres informations
• a. Patronymes et prénoms
• b. Les métiers
• c. Le cousinage
• III. La répartition géographique
• 1. Une population occidentale
• 2. Des malades bretons
• 3. Des porteurs sains finistériens

Troisième partie. L’incidence des comportements démographiques du passé

Chapitre 5

Les origines de la mucoviscidose

• I. La recherche d’un effet fondateur
• 1. La mutation F508del
• 2. La mutation G551D
• 3. La mutation 1078delT
• 4. Les mutations rares
• 5. La population témoin
• II. Des bassins de population ancestraux
• 1. Une localisation côtière
• 2. Des noms de paroisses évocateurs
• 3. Des migrations maritimes
• III. Les liens entre la petite et la Grande-Bretagne
• 1. Une histoire migratoire
• 2. Une même identité génétique
• IV. Mise en perspective avec le Québec
• 1. Émigration
• 2. Diffusion du gène

Chapitre 6

Les unions

• I. Les caractéristiques des mariages
• 1. L’âge au mariage
• 2. Le nombre d’unions
• 3. L’isonymie
• II. L’homogamie
• 1. La mer et les rivières
• 2. La terre
• 3. Le bois
• 4. Autres milieux socioprofessionnels
• III. Les conséquences du mariage sur la distribution génétique
• 1. La fécondité
• 2. La comparaison selon les corpus
• 3. L’exemple de la famille Cossec-Mével

Chapitre 7

Apparentement et consanguinité

• I. Mesures de l’apparentement
• 1. Complétude et homogénéité
• 2. Mutations génétiques et apparentements
• 3. Parenté et consanguinité
• 4. Examen de la situation québécoise
• II. Les réseaux de parenté
• 1. Des circuits matrimoniaux
• 2. Les alliances familiales
• 3. Différents degrés de parenté
• 4. Sur les traces de la famille Cossec-Mével
• III. Le poids de la consanguinité : mythe ou réalité ?
• 1. Consanguinité et mucoviscidose
• 2. Conséquences génétiques
• 3. La consanguinité dans la famille Cossec-Mével
• 4. La fin d’un mythe ?

Chapitre 8

L’endogamie et la répartition de la maladie

• I. La localisation des unions
• 1. La tradition
• 2. Les lieux de circulation des échanges matrimoniaux
• 3. Le lieu du mariage
• II. L’immobilisme géographique
• 1. Les frontières physiques
• 2. Les frontières culturelles
• 3. Né, marié et décédé dans la même commune
• III. L’exemple de Kerlouan
• 1. Les paroisses d’origine des époux
• 2. Une commune impliquée
• 3. Endogamie et bassin génétique

Chapitre 9

La diffusion des mutations par l’avantage sélectif

• I. Le solde naturel
• 1. Un excédent de population
• 2. L’avantage des porteurs sains
• II. La vérification de l’avantage sélectif en milieu endogame finistérien
• 1. Calcul de l’avantage sélectif, modèle théorique
• 2. Hypothèses sur les causes de cet avantage
• 3. L’exemple de l’épidémie de typhus en 1776 à Kerlouan
• III. Les porteurs sains vivent-ils plus vieux ?
• 1. L’âge moyen au décès
• 2. Un écart selon le sexe

Conclusion

• Une base de données exploitable
• Une cartographie des lieux de vie des ancêtres
• Âge au mariage et remariages pèsent dans la balance génétique
• Une consanguinité mythique
• Des cousins à la mode de Bretagne
• Une grande permanence sociale
• Un avantage sélectif des porteurs sains
• Hasard, coïncidence, prédestination

Références bibliographiques

Annexes

• Annexe 1.
• Exemple appliqué du calcul de la fréquence d’une maladie
• Annexe 2.
• Évaluation du corpus par le logiciel Puck
• Annexe 3.
• Historique des rapports créés sous GenJ
• Glossaire
• Annexe 4.
• Contrôle global des données de la base par Granite-Muco
• Annexe 5.
• Âge moyen au mariage selon le sexe et la mutation
• Annexe 6.
• Calculs de consanguinité par groupe
• 1. F508del
• 2. G551D
• 3. 1078delT
• 4. La population témoin
• Annexe 7.
• Recensement de circuits matrimoniaux dans le corpus des ascendants de la mutation G551D
• Annexe 8.
• Annexe 9.
• Annexe 10.
• Annexe 11.
• Annexe 12.
• Annexe 13.
• Annexe 14
• Résultats des tests de significativité
• Tests sur séries complètes hommes + femmes des 2 échantillons
• Tests sur séries hommes des 2 échantillons
• Tests sur séries femmes des 2 échantillons
• Annexe 15.
• Cousinages
• Chemin probablement pris par le gène
• Résumé de la thèse
• Liste des sigles
• Liste des sites Internet et documents électroniques cités